RESPONSIVE
Filum
Filum, biyolojik sınıflandırmada geniş organizma gruplarının evrimsel ilişkileri ve ortak özellikleri temelinde düzenlenmesinde kullanılan temel taksonomik düzeylerden biridir. Taksonomik hiyerarşide genel olarak domain düzeyinin altında ve sınıf düzeyinin üzerinde bulunur. Bakteriyel sistematikte filumlar, büyük ve evrimsel açıdan anlamlı bakteriyel soyların sınıflandırılmasında önemli rol oynar.
1. Filum Kavramı
Filum (İngilizce: phylum), biyolojik sınıflandırmada birbirleriyle evrimsel olarak ilişkili geniş organizma gruplarının bir araya getirildiği taksonomik düzeydir.
Bir filum, kendisinin altında bulunan çok sayıda sınıfı ve bu sınıflara bağlı daha alt taksonomik grupları kapsayabilir. Bu nedenle filum düzeyi, biyolojik çeşitliliğin geniş ölçekli organizasyonunun anlaşılmasında önem taşır.
Modern bakteriyel sistematikte filumların tanımlanması yalnızca morfolojik veya fizyolojik benzerliklere dayanmaz. Moleküler filogenetik, ribozomal RNA karşılaştırmaları ve özellikle genom dizilerinden elde edilen veriler bakteriyel soyların sınıflandırılmasında önemli rol oynar.
2. Taksonomik Hiyerarşide Filum
Biyolojik sınıflandırma geniş organizma gruplarından daha özgül gruplara doğru ilerleyen hiyerarşik bir sistemdir. Filum bu sistemin üst basamaklarından biridir.
Bu hiyerarşide bir domain çok sayıda filumu, bir filum ise bir veya daha fazla sınıfı kapsayabilir. Taksonomik düzeylerde aşağıya doğru ilerledikçe gruplar genel olarak daha özgül hale gelir.
3. Bakteriyel Taksonomide Filum
Bakteriler son derece geniş genetik, metabolik, fizyolojik ve ekolojik çeşitlilik gösterir. Filum düzeyindeki sınıflandırma, bu çeşitliliğin geniş evrimsel soylar halinde düzenlenmesine yardımcı olur.
Aynı bakteriyel filum içerisinde bulunan organizmalar ortak bir evrimsel geçmişe sahip olmakla birlikte morfoloji, metabolizma, yaşam alanı ve patojenite gibi özellikler bakımından büyük farklılıklar gösterebilir.
Bu nedenle bir bakterinin belirli bir filuma ait olması, o filumdaki bütün bakterilerin aynı metabolik veya klinik özelliklere sahip olduğu anlamına gelmez.
4. Bakteriyel Filumlar Nasıl Belirlenir?
Bakterilerin sınıflandırılmasında kullanılan yöntemler mikrobiyolojinin gelişimi boyunca önemli ölçüde değişmiştir. Geçmişte hücre morfolojisi, boyanma özellikleri, metabolik aktivite ve fizyolojik özellikler sınıflandırmada önemli ölçütler arasında bulunuyordu.
Bu özellikler günümüzde de bakterilerin tanımlanması ve karakterizasyonunda değerlidir. Ancak yalnızca fenotipik özellikler bakterilerin gerçek evrimsel ilişkilerini her zaman yeterince açıklayamaz.
Moleküler biyolojinin gelişmesiyle DNA ve RNA dizilerinin karşılaştırılması bakteriyel sistematiğin temel araçlarından biri haline gelmiştir.
Günümüzde filogenomik analizler, korunmuş genlerin karşılaştırılması ve genom ölçeğindeki veriler bakteriyel soyların evrimsel ilişkilerinin değerlendirilmesinde giderek daha önemli rol oynamaktadır.
5. Moleküler Filogeni, 16S rRNA ve Genomik Yaklaşımlar
16S rRNA geni, bakteriyel sistematik ve filogenetik araştırmaların gelişmesinde çok önemli bir moleküler belirteç olmuştur.
Bu genin hem yüksek derecede korunmuş hem de organizmalar arasındaki evrimsel farklılıkları yansıtan değişken bölgeler içermesi, farklı bakteriyel gruplar arasındaki ilişkilerin araştırılmasına olanak sağlamıştır.
Ancak modern bakteriyel sistematik yalnızca 16S rRNA dizilerine dayanmaz. Tam genom dizilerinin yaygınlaşması, çok sayıda korunmuş genin birlikte analiz edilmesine ve filogenetik ilişkilerin genom ölçeğinde değerlendirilmesine olanak sağlamıştır.
6. Bakteriyel Filum Örnekleri
Bacteria domaini çok sayıda filogenetik olarak farklı bakteriyel soyu kapsar. Aşağıdaki gruplar bakteriyel çeşitliliğin bazı önemli örnekleridir.
Pseudomonadota
Çok geniş metabolik ve ekolojik çeşitliliğe sahip bakterileri kapsar. Escherichia, Salmonella, Pseudomonas ve çok sayıda başka önemli bakteri bu filum içerisinde yer alır.
Filum: Pseudomonadota →Bacillota
Aralarında Bacillus, Clostridium, Staphylococcus ve Streptococcus gibi mikrobiyoloji ve tıp açısından önemli cinslerin bulunduğu geniş bir bakteriyel gruptur.
Actinomycetota
Yüksek G+C içerikli birçok bakteriyel soyu kapsayan geniş bir gruptur. Mycobacterium, Corynebacterium ve Streptomyces gibi önemli cinsleri içerir.
Bacteroidota
Toprak, su, hayvan ve insan mikrobiyotaları dahil olmak üzere çok çeşitli habitatlarda bulunan bakterileri kapsayan önemli filumlardan biridir.
Cyanobacteriota
Oksijenik fotosentez gerçekleştiren prokaryotik organizmaları kapsayan ve Dünya’nın biyolojik ve jeokimyasal tarihinde önemli rol oynayan büyük bir bakteriyel soydur.
Spirochaetota
Karakteristik hücre morfolojisine sahip çeşitli bakterileri kapsar. Bazı üyeleri insan ve hayvan hastalıkları açısından önem taşır.
7. Pseudomonadota: Bir Filum Örneği
Pseudomonadota, Bacteria domaini içerisinde yer alan büyük ve biyolojik açıdan son derece çeşitli filumlardan biridir.
Bu filum; çevresel mikroorganizmalardan simbiyotik bakterilere, bitki ve hayvanlarla ilişkili türlerden insan sağlığı açısından önemli mikroorganizmalara kadar çok geniş bir çeşitlilik içerir.
Bakteriyoloji.com’da üzerinde çalıştığımız Escherichia coli taksonomik zincirinde Pseudomonadota, organizmanın filum düzeyindeki konumunu gösterir.
8. Filum Adlarının İsimlendirilmesi
Prokaryotik nomenklatürde filum adlarının düzenlenmesi, mikrobiyal sistematiğin gelişmesiyle birlikte önemli değişiklikler geçirmiştir.
International Code of Nomenclature of Prokaryotes kapsamında filum düzeyindeki adlandırmanın resmi nomenklatür sistemine dahil edilmesi, prokaryotik filum adlarının daha standart bir yapıya kavuşmasına katkı sağlamıştır.
Güncel prokaryotik filum adlarında -ota son eki kullanılır. Bu nedenle modern kaynaklarda Pseudomonadota, Bacillota, Actinomycetota ve Bacteroidota gibi adlarla karşılaşılır.
9. Escherichia coli Taksonomisinde Filum
Filum kavramını somutlaştırmak için Escherichia coli‘nin üzerinde çalıştığımız taksonomik zincirini inceleyebiliriz.
| Taksonomik düzey | Takson |
|---|---|
| Domain | Bacteria |
| Filum | Pseudomonadota |
| Sınıf | Gammaproteobacteria |
| Takım | Enterobacterales |
| Familya | Enterobacteriaceae |
| Cins | Escherichia |
| Tür | Escherichia coli |
Bu örnekte Pseudomonadota, Escherichia coli‘nin Bacteria domaini içerisindeki geniş evrimsel konumunu gösteren filum düzeyindeki taksondur.
10. Bilimsel Kaynaklar
- Oren A, Garrity GM. Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 2021;71(10).
- International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP). Prokaryotik organizmaların bilimsel adlandırılması ve taksonomik adların kullanımına ilişkin uluslararası nomenklatür kuralları.
- List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). Prokaryotik taksonların geçerli adları ve nomenklatür durumlarının değerlendirilmesinde kullanılan temel başvuru kaynaklarından biridir.
- Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria. Bakteriyel ve arkeal sistematik, taksonomi, fenotip ve filogeni için temel başvuru kaynaklarından biridir.
- Woese CR. Bacterial evolution. Microbiological Reviews. 1987;51(2):221–271.
Taksonomik Düzeylerde Devam Edin
Konu: Taksonomik Düzeyler
Düzey: Filum
Son güncelleme: Temmuz 2026